Slurm 使用

2023-12-12  本文已影响0人  iBioinformatics

1.使用 SBATCH 提交作业

在定义好我们的作业脚本之后, 就可以使用sbatch进行提交了。

$ sbatch test.sh
Submitted batch job 70

这样作业就被提交到任务队列了, 其中 70 为作业的 ID .

2.查看作业状态

当作业进入队列之中, 我们可以通过 squeue 来查询作业的状态, 例如是否处于运行状态还是处于排队状态.

$ squeue # 查看所有任务
$ squeue -u $USER # 查看属于自己的任务 
$ squeue -j <JOBID> # 查看特定的任务

我们还可以通过 sstat 来查询运行中任务的一些信息, 例如消耗的 CPU 时间, 占用的内存等.

$ sstat <JOBID>

作业完成后, 我们可以通过 sacct 查看作业使用资源的信息.

$ sacct 
$ sacct -o jobname,alloccpus,reqmem,averss,elapsed -j <JOBID>

3.取消作业

如果我们想要将作业从队列中移除

$ scancel <JOBID>

我们还可以将我们当前用户下所有作业移除

$ scancel -u $USER
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