自己写代码计算单细胞转录组数据的CNV及绘制热图
2019-04-23 本文已影响101人
因地制宜的生信达人
前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图，因为这个方法学本来就是他们建立起来的。
- 单细胞转录组数据分析CNV
- 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据推断CNV信息
- 使用inferCNV来推断CCLE转录组数据的拷贝数变异
- 使用inferCNV来推断2014的science关于GBM文章的单细胞转录组数据的拷贝数情况
我也拿那个软件在普通的bulk转录组数据，CCLE数据库数据，以及两个单细胞数据集测试了，最后在2014的science关于GBM文章的数据里面验证了，可以说已经学会了该软件的使用，但是只会用软件成不了气候，还是得深入理解原理。
