粳稻参考基因组ID转换

World map showing that the genus Oryza is widely distributed, Rod et al 2018

粳稻参考基因组日本晴主要常用的有两个版本，分别为The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp/index.html）和Rice Genome Annotation Project （RGAP7，MSU）（http://rice.plantbiology.msu.edu/index.shtml）。分别由两个团队进行维护，因此其注释基因数量和基因登录号也不相同。
RAP格式为“Os-Chr-g-number”，MSU格式为“LOC_Os-Chr-g-number”。

日常分析数据过程中会遇到两种格式ID相互转换的问题。PlantGSEA（http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/）提供了非常方便的在线ID转换工具。本文也提供一个脚本来供研究者在无法登陆PlantGSEA网站时方便地完成ID转换。

STEP1：下载文件

ID对应文件下载自RAP网站，请点击以下链接下载：
https://rapdb.dna.affrc.go.jp/download/archive/RAP-MSU_2018-03-29.txt.gz

如果你对Python脚本使用有一些熟悉，那么，请使用以下示例脚本完成转换，如果你有更好的方法或者对脚本有意见，请留言交流。

脚本示例：MSU to RAP

relation={}
for i in open("RAP-MSU_2018-03-29.txt"):
    rap=str(i.split()[0])
    msu=str(i.split()[1])
    if msu!="None":
        if "," in msu:
            for a in msu.split(","):
                relation[a[0:-2]] = rap
        else:
            relation[msu[0:-2]] = rap

for j in open("your-id-list-one-gene-per-line.txt"):
    id=j.strip()
    if id in relation.keys():
        print(id,relation[id],sep="\t")
    else:
        print(id,"None",sep="\t")

脚本示例：RAP to MSU

relation={}
for i in open("RAP-MSU_2018-03-29.txt"):
        rap=str(i.split()[0])
        msu=str(i.split()[1])
        if rap!="None":
            relation[rap]=msu

for j in open("your-id-list-one-gene-per-line.txt"):
    id=j.strip()
    if id in relation.keys():
        if "," in relation[id]:
            s=relation[id].split(",")
            for a in s:
                print(id,a,sep="\t")
        else:
            print(id,relation[id],sep="\t")
    else:
        print(id,"None",sep="\t")

STEP2：配置环境

如果你未看明白以上说的是啥，你还想根据我的方法完成ID转换，请按照以下步骤完成环境配置：
正确安装Python3并配置好环境变量。Python3下载地址为：
https://www.python.org/downloads/
以上示例脚本及示例文件下载链接：https://pan.baidu.com/s/1nv-xGmHinUk3OvWG-xJEiA 密码：4gl7

STEP3：转换

示例脚本及文件

下载好示例脚本及文件后，将你想要转换的ID列表（单列）粘贴至your-id-list-one-gene-per-line.txt文件中，接着使用cmd+R调出WIN命令行，轻松完成转换。

# 转换到你的工作目录
cd C:\YourPATH\MSU-RAP
# 或者你想转换到其它分区
cd D：
cd D:\YourPATH\MSU-RAP
# 运行你想转换的类型、
# MSU转换到RAP，运行以下命令即可
 python msu2rap-converter.py > result.xls
# RAP转换到MSU，运行以下命令即可
 python rap2msu-converter.py > result.xls

MSU to RAP 结果示例