RPKM/FPKM/TPM/CPM说明

RPKM (Reads Per Kilobase Million) #唯一的区别是FPKM适用于双端测序文库
FPKM (Fragments Per Kilobase Million)  #而RPKM适用于单端测序文库
TPM (Transcripts Per Million)
RPM/CPM (Reads/Counts of exon model per Million mapped reads)
 #公式：RPM=total exon reads / mapped reads (Millions)

结论：
1.学术界已经不再推荐RPKM、FPKM；

2.比较基因的表达丰度，例如哪个基因在哪个组织里高表达，用TPM做均一化处理；

不同组间比较，找差异基因，先得到read counts，然后用DESeq2
或edgeR，做均一化和差异基因筛选；如果对比某个基因的KO组
和对照，推荐DESeq2。

3.DESeq2和edgeR不用RPKM/FPKM或TPM做均一化，而是直接用原始的read counts做均一化处理

4. RPKM/FPKM与TPM的计算

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参考：1.http://blog.sciencenet.cn/blog-3372875-1089851.html
2.https://www.jianshu.com/p/03ff90be075c
3.http://blog.sciencenet.cn/blog-1113671-1038659.html