1.设置工作路径：setwd

在使用R处理数据时，我们需要先设置工作路径。

# 先用getwd()命令查看一下当前R的工作路径
> getwd()
[1] "/home/u812901"
# 使用setwd()命令设置要处理的数据存放的路径为R的工作路径
> setwd("/home/u812901/GenekTVExampleData/R")
> getwd()
[1] "/home/u812901/GenekTVExampleData/R"

另外，我们还可以通过RStudio的图形界面，设置工作路径：
Tools-Global Options-General-Brows

2.读取数据：read.table()

# 使用read.table()命令读取文件
# 参数解析：file=文件名，sep=分隔符，header=TRUE/FALSE（是否有表头）
> read.table(file="gene_exp.txt", sep = "\t", header = TRUE)
  GeneId Sample1 Sample2 Sample3
1  gene1       1     2.0     0.3
2  gene2       4     5.0     6.0
3  gene3       7     0.8     9.0
4  gene4      10    11.0    12.0
# 定义数据框
> gene_exp <- read.table(file="gene_exp.txt", sep = "\t", header = TRUE)
# 打印数据框
> gene_exp
  GeneId Sample1 Sample2 Sample3
1  gene1       1     2.0     0.3
2  gene2       4     5.0     6.0
3  gene3       7     0.8     9.0
4  gene4      10    11.0    12.0
# 使用colnames()函数查看列名
> colnames(gene_exp)
[1] "GeneId"  "Sample1" "Sample2" "Sample3"
# 使用rownames()函数查看行名
> rownames(gene_exp)
[1] "1" "2" "3" "4"

有时候，生物信息学处理的数据并不规范，比如：

image

上面的数据框就缺少第一个列名，我们可以通过colnames()给第一个元素命名：

> gene_exp2 <- read.table(file="gene_exp2.txt", sep = "\t", header = TRUE)
# 默认情况下，R会自动添加缺失的列名，此处为x
> gene_exp2
      X Sample1 Sample2 Sample3
1 gene1       1     2.0     0.3
2 gene2       4     5.0     6.0
3 gene3       7     0.8     9.0
4 gene4      10    11.0    12.0
# 通过colnames()函数给缺失的列名赋值
> colnames(gene_exp2)[1] <- "Gene_ID"
> gene_exp2
  Gene_ID Sample1 Sample2 Sample3
1   gene1       1     2.0     0.3
2   gene2       4     5.0     6.0
3   gene3       7     0.8     9.0
4   gene4      10    11.0    12.0
# 在读取数据时，指定第一行为行名
> gene_exp <- read.table(file="gene_exp.txt", sep = "\t", header = TRUE, row.names = 1)
> gene_exp
      Sample1 Sample2 Sample3
gene1       1     2.0     0.3
gene2       4     5.0     6.0
gene3       7     0.8     9.0
gene4      10    11.0    12.0

3.将数据写入文件：write.table()

# 使用write.table将数据写入文件
 write.table(gene_exp, file = "gene_exp_out.txt", sep = ",")

查看文件内容：

image

成功将gene_exp的内容写入文件，并以逗号分隔开，并且字符串用双引号分隔开，这显得不美观，能否把双引号隐藏呢？当然可以：

> write.table(gene_exp, file = "gene_exp_out.txt", sep = ",",quote = FALSE)

查看写入效果：

image

4.保存数据：save.image

如果我们的数据处理任务还没有完成，而有必须离开计算机时，我们可以将当前的环境保存下来，方便下次使用。

# 使用save.image()保存当前工作环境下的所有信息
> save.image(file = "example.RData")
# 只保存当前工作环境下的某一变量
save(gene_exp,file="gene_exp.RData"

5.加载保存的工作环境或变量

> load(file = "example.RData")
> load(file = "gene_exp.RData")