5-2节 Logistic回归|从疝气病症预测病马的死亡率项目汇
2018-09-19 本文已影响117人
努力奋斗的durian
文章原创,最近更新：2018-09-19
前言:
本文介绍机器学习分类算法中的Logistic回归算法并给出伪代码，Python代码实现。
学习参考链接:
1.第5章 Logistic回归
本章节的主要内容是:
项目案例2: 从疝气病症预测病马的死亡率
1.Logistic回归项目案例介绍:
项目案例1:
项目案例2: 从疝气病症预测病马的死亡率
项目概述:
使用 Logistic 回归来预测患有疝病的马的存活问题。疝病是描述马胃肠痛的术语。然而，这种病不一定源自马的胃肠问题，其他问题也可能引发马疝病。这个数据集中包含了医院检测马疝病的一些指标，有的指标比较主观，有的指标难以测量，例如马的疼痛级别。
开发流程：
- 收集数据: 给定数据文件
- 准备数据: 用 Python 解析文本文件并填充缺失值
- 分析数据: 可视化并观察数据
- 训练算法: 使用优化算法，找到最佳的系数
- 测试算法:
为了量化回归的效果，需要观察错误率。根据错误率决定是否回退到训练阶段，通过改变迭代的次数和步长的参数来得到更好的回归系数 - 使用算法:
实现一个简单的命令行程序来收集马的症状并输出预测结果并非难事，这可以作为留给大家的一道习题
Logistic 回归 算法特点：
- 优点: 计算代价不高，易于理解和实现。
- 缺点: 容易欠拟合，分类精度可能不高。
适用数据类型: 数值型和标称型数据。
数据集介绍
病马的训练数据已经给出来了，如下形式存储在文本文件中:
2.000000 1.000000 38.500000 66.000000 28.000000 3.000000 3.000000 0.000000 2.000000 5.000000 4.000000 4.000000 0.000000 0.000000 0.000000 3.000000 5.000000 45.000000 8.400000 0.000000 0.000000 0.000000
1.000000 1.000000 39.200000 88.000000 20.000000 0.000000 0.000000 4.000000 1.000000 3.000000 4.000000 2.000000 0.000000 0.000000 0.000000 4.000000 2.000000 50.000000 85.000000 2.000000 2.000000 0.000000
2.000000 1.000000 38.300000 40.000000 24.000000 1.000000 1.000000 3.000000 1.000000 3.000000 3.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 33.000000 6.700000 0.000000 0.000000 1.000000
1.000000 9.000000 39.100000 164.000000 84.000000 4.000000 1.000000 6.000000 2.000000 2.000000 4.000000 4.000000 1.000000 2.000000 5.000000 3.000000 0.000000 48.000000 7.200000 3.000000 5.300000 0.000000
2.000000 1.000000 37.300000 104.000000 35.000000 0.000000 0.000000 6.000000 2.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 74.000000 7.400000 0.000000 0.000000 0.000000
2.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 2.000000 1.000000 3.000000 1.000000 2.000000 3.000000 2.000000 2.000000 1.000000 0.000000 3.000000 3.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000
1.000000 1.000000 37.900000 48.000000 16.000000 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000 3.000000 3.000000 3.000000 1.000000 1.000000 0.000000 3.000000 5.000000 37.000000 7.000000 0.000000 0.000000 1.000000
2. 项目相关代码
2.1 与项目1通用的函数
参考链接:5-1节 Logistic回归|使用 Logistic 回归在简单数据集上的分类项目汇总|机器学习实战-学习笔记
# sigmoid阶跃函数
def sigmoid(inX):
# return 1.0 / (1 + exp(-inX))
return 1.0/(1+np.exp(-inX))
# 随机梯度上升算法（随机化）
def stocGradAscent1(dataMatIn, classLabels, numIter=150):
m,n = np.shape(dataMatIn)
# 创建与列数相同的矩阵的系数矩阵，1行3列
weights = np.ones(n)
# 随机梯度, 循环150,观察是否收敛
for j in range(numIter):
# [0, 1, 2 .. m-1]
dataIndex = list(range(m))
for i in range(m):
# i和j的不断增大，导致alpha的值不断减少，但是不为0
alpha = 4/(1.0+j+i)+0.01 # alpha 会随着迭代不断减小，但永远不会减小到0，因为后边还有一个常数项0.0001
# 随机产生一个 0～len()之间的一个值
# random.uniform(x, y) 方法将随机生成下一个实数，它在[x,y]范围内,x是这个范围内的最小值，y是这个范围内的最大值。
randIndex = int(random.uniform(0,len(dataIndex)))
# sum(dataMatrix[i]*weights)为了求 f(x)的值， f(x)=a1*x1+b2*x2+..+nn*xn
h = sigmoid(sum(dataMatIn[dataIndex[randIndex]]*weights))
error = classLabels[dataIndex[randIndex]] - h
weights = weights + alpha * error * dataMatIn[dataIndex[randIndex]]
del(dataIndex[randIndex])
return weights
2.2 classifyVector()
这个函数主要是分类函数，根据回归系数和特征向量来计算 Sigmoid的值
def classifyVector(inX, weights):
'''
Desc:
最终的分类函数，根据回归系数和特征向量来计算 Sigmoid 的值，大于0.5函数返回1，否则返回0
Args:
inX -- 特征向量，features
weights -- 根据梯度下降/随机梯度下降 计算得到的回归系数
Returns:
如果 prob 计算大于 0.5 函数返回 1
否则返回 0
'''
prob = sigmoid(sum(inX*weights))
if prob > 0.5: return 1.0
else: return 0.0
2.3 colicTest()
这个函数的主要作用是:打开测试集和训练集,并对数据进行格式化处理.
# 打开测试集和训练集,并对数据进行格式化处理
def colicTest():
'''
Desc:
打开测试集和训练集，并对数据进行格式化处理
Args:
None
Returns:
errorRate -- 分类错误率
'''
frTrain = open('horseColicTraining.txt')
frTest = open('horseColicTest.txt')
trainingSet = []
trainingLabels = []
# 解析训练数据集中的数据特征和Labels
# trainingSet 中存储训练数据集的特征，trainingLabels 存储训练数据集的样本对应的分类标签
for line in frTrain.readlines():
currLine = line.strip().split('\t')
lineArr = []
for i in range(21):
lineArr.append(float(currLine[i]))
trainingSet.append(lineArr)
trainingLabels.append(float(currLine[21]))
# 使用 改进后的 随机梯度下降算法 求得在此数据集上的最佳回归系数 trainWeights
trainWeights = stocGradAscent1(np.array(trainingSet), trainingLabels, 500)
errorCount = 0
numTestVec = 0.0
# 读取 测试数据集 进行测试，计算分类错误的样本条数和最终的错误率
for line in frTest.readlines():
numTestVec += 1.0
currLine = line.strip().split('\t')
lineArr = []
for i in range(21):
lineArr.append(float(currLine[i]))
if int(classifyVector(np.array(lineArr), trainWeights)) != int(currLine[21]):
errorCount += 1
errorRate = (float(errorCount) / numTestVec)
print ("the error rate of this test is: %f" % errorRate)
return errorRate
2.4 multiTest()
这个函数的主要作用是:调用 colicTest() 10次并求结果的平均值
def multiTest():
numTests = 10
errorSum = 0.0
for k in range(numTests):
errorSum += colicTest()
print ("after %d iterations the average error rate is: %f" % (numTests, errorSum/float(numTests)))
2.5 完整的代码
import numpy as np
import random
# sigmoid阶跃函数
def sigmoid(inX):
# return 1.0 / (1 + exp(-inX))
return 1.0/(1+np.exp(-inX))
# 随机梯度上升算法（随机化）
def stocGradAscent1(dataMatIn, classLabels, numIter=150):
m,n = np.shape(dataMatIn)
# 创建与列数相同的矩阵的系数矩阵，1行3列
weights = np.ones(n)
# 随机梯度, 循环150,观察是否收敛
for j in range(numIter):
# [0, 1, 2 .. m-1]
dataIndex = list(range(m))
for i in range(m):
# i和j的不断增大，导致alpha的值不断减少，但是不为0
alpha = 4/(1.0+j+i)+0.01 # alpha 会随着迭代不断减小，但永远不会减小到0，因为后边还有一个常数项0.0001
# 随机产生一个 0～len()之间的一个值
# random.uniform(x, y) 方法将随机生成下一个实数，它在[x,y]范围内,x是这个范围内的最小值，y是这个范围内的最大值。
randIndex = int(random.uniform(0,len(dataIndex)))
# sum(dataMatrix[i]*weights)为了求 f(x)的值， f(x)=a1*x1+b2*x2+..+nn*xn
h = sigmoid(sum(dataMatIn[dataIndex[randIndex]]*weights))
error = classLabels[dataIndex[randIndex]] - h
weights = weights + alpha * error * dataMatIn[dataIndex[randIndex]]
del(dataIndex[randIndex])
return weights
# 分类函数，根据回归系数和特征向量来计算 Sigmoid的值
def classifyVector(inX, weights):
'''
Desc:
最终的分类函数，根据回归系数和特征向量来计算 Sigmoid 的值，大于0.5函数返回1，否则返回0
Args:
inX -- 特征向量，features
weights -- 根据梯度下降/随机梯度下降 计算得到的回归系数
Returns:
如果 prob 计算大于 0.5 函数返回 1
否则返回 0
'''
prob = sigmoid(sum(inX*weights))
if prob > 0.5: return 1.0
else: return 0.0
# 打开测试集和训练集,并对数据进行格式化处理
def colicTest():
'''
Desc:
打开测试集和训练集，并对数据进行格式化处理
Args:
None
Returns:
errorRate -- 分类错误率
'''
frTrain = open('horseColicTraining.txt')
frTest = open('horseColicTest.txt')
trainingSet = []
trainingLabels = []
# 解析训练数据集中的数据特征和Labels
# trainingSet 中存储训练数据集的特征，trainingLabels 存储训练数据集的样本对应的分类标签
for line in frTrain.readlines():
currLine = line.strip().split('\t')
lineArr = []
for i in range(21):
lineArr.append(float(currLine[i]))
trainingSet.append(lineArr)
trainingLabels.append(float(currLine[21]))
# 使用 改进后的 随机梯度下降算法 求得在此数据集上的最佳回归系数 trainWeights
trainWeights = stocGradAscent1(np.array(trainingSet), trainingLabels, 500)
errorCount = 0
numTestVec = 0.0
# 读取 测试数据集 进行测试，计算分类错误的样本条数和最终的错误率
for line in frTest.readlines():
numTestVec += 1.0
currLine = line.strip().split('\t')
lineArr = []
for i in range(21):
lineArr.append(float(currLine[i]))
if int(classifyVector(np.array(lineArr), trainWeights)) != int(currLine[21]):
errorCount += 1
errorRate = (float(errorCount) / numTestVec)
print ("the error rate of this test is: %f" % errorRate)
return errorRate
# 调用 colicTest() 10次并求结果的平均值
def multiTest():
numTests = 10
errorSum = 0.0
for k in range(numTests):
errorSum += colicTest()
print ("after %d iterations the average error rate is: %f" % (numTests, errorSum/float(numTests)))
multiTest()
输出结果为:
the error rate of this test is: 0.388060
the error rate of this test is: 0.582090
the error rate of this test is: 0.298507
the error rate of this test is: 0.253731
the error rate of this test is: 0.283582
the error rate of this test is: 0.313433
the error rate of this test is: 0.522388
the error rate of this test is: 0.283582
the error rate of this test is: 0.313433
the error rate of this test is: 0.283582
after 10 iterations the average error rate is: 0.352239
