Hisat2,bwa,bowtie2,STAR,samtools

草莓果酱镇楼

之前只是自己用bowtie2和bwa建过index,直到这个东西的作用就是加快比对到参考基因组上的速度，但是不同比对软件的index是不通用的，再者，虽然在网上是可以下载references的时候，也提供index的下载，我觉得还是自己构建index,看看后缀，这样才能有印象。
这次构建index的reference都是用Ensembl的Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa
PS:下面有很多都是我在网上看到很好的例子和步骤，然后还会有自己构建好的截图。

bowtie2_index.png

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这里就是我自己的bowtie2_index啦

my_bowtie2_index.png

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bwa_index.png

my_bwa_index.png

Hisat2_index2.png

my_hisat2_index.png

STAR0.png

STAR.png

samtools_index.png

my_samtools_index.png

OH..yar~~

最后，引用index的时候，路径是要写到index所在的文件夹并且再加上index的prefix.