snpEFF的使用

1. 教程地址
   下载snpEff地址
   解压unzip snpEff_latest_core.zip
   我的路径是/home/chaim/bsa/snpEff/
2. 配置玉米zm437版本的数据库
   在路径/home/chaim/bsa/snpEff/snpEff/目录下创建文件夹data,

cd /home/chaim/bsa/snpEff/snpEff/
mkdir data
cd data
mkdir genomes
mkdir zm437

#在zm437目录存放基因组注释文件genes.gff,   蛋白库，protein.fa
#在genomes目录放置基因组参考序列 zm437.fa

注意上述的基因组注释文件是gff3格式。
修改snpEff.config的参数
添加如下内容

#maize genome,version zm437
 zm437.genome:maize

回到snpEFF目录，运行命令
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v zm437

3. 对vcf格式文件进行注释：
   bwa目录存放着GATK4处理之后的文件common_filtration.vcf
   在/home/chaim/bsa/bwa目录执行下面命令

 java -Xmx128g -jar /home/chaim/bsa/snpEff/
snpEff/snpEff.jar zm437 common_filtration.vcf > common.eff

会输出三个文件，
snpEff_genes.txt
snpEff_summary.html
common.eff.vcf

4. 如果想更改使用其他注释文件，
   删除/home/chaim/bsa/snpEff/snpEff//data/zm437/snpEffectPredictor.bin该文件删除即可。
   重新从步骤1开始即可。