批处理!功能富集分析、基因ID转换、查找同源基因、SNP注释一站
2020-11-13 本文已影响0人
橙子牛奶糖
看文献的时候,发现了g:Profiler
这个宝藏工具,测试了一下,使用起来超级方便、好用,一定要分享给大家~
g:Profiler
网址:
https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/
下面具体讲一下该网站的功能。
1、GO 功能富集分析
功能富集分析包括:Gene ontology, biological pathways, regulatory motifs in DNA, protein databases, human phenotype ontology
进入网址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost
在方框中输入Ensembl ID
,随后点击Run query
即可。

下面是相应的结果


个人觉得挺好看的呢~
2、基因ID转换
该网站的基因ID转换包括:
1)60个物种基因ID的转换;
2)Ensembl, Refseq, Illumina, Entrezgene and Uniprot identifiers
等不同数据库来源基因ID的转换;
3)基因,蛋白质,芯片探针等ID转换;
进入网址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
示例图如下:

3、查找同源基因
该网站支持190种物种的同源基因查找。
进入网址:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/orth
以人类转小鼠为例:

4、SNP注释
SNP注释的信息包括chr,pos,变异所在的基因,变异类型,变异对基因的影响
进入网站:https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/snpense
示例结果如下:

今天就讲到这啦,各位周末愉快!~