一文搞定文献阅读（1）

为什么要阅读文献

刚进入一个领域，或者接手新课题的时候，需要研究人员能快速地从整体上把握该领域的发展历史以及目前的进展，从而更好地制订研究计划。除了阅读权威的教材以及请教相关人士，阅读文献是主要的途径之一。作为一位科研工作者或者是学生，阅读文献是掌握相关领域脉络以及追踪最新话题的一个基本功。跟传统教材相比，文献的更新速度快、内容简短，并且可以根据个人的关注点，针对性的组织内容。然而，大量的文献对日常管理以及追踪造成了一定的负担。本文就针对文献的收集、管理以及追踪发表一些个人的看法。

文献的种类

本文初步将非教材类的、相关人士进行撰写的文章定义为文献，主要包括以下4类。

第一类：中文博士及硕士毕业论文

这类文献有以下的特点。第一，内容详尽。具体到实验的操作流程，试剂的配置、组成和厂家，都会详细记录；第二，有一定的系统性。优秀的博士及硕士毕业论文，往往对相关领域能有较为全面的描述，并且在参考文献部分也会列出许多核心文章，因此，可以快速了解行业概况，并且为后续深入挖掘提供了很好的参考；第三，较简单。通过阅读，可以了解到常用的核心词汇是什么，常见的试验方法以及当前存在的问题和解决方案都有哪些。并且，都是用中文写的，对英语小白简直不能更友善。

第二类：中文综述

综述一般由领域大牛撰写，描述了领域的进展进程，目前存在的问题以及常见的解决方案，甚至是可能的发展方向。相对于第一类文献，权威性更高并且囊括的内容更全，因此十分适合快速了解行业概况。从中文综述下手，同样为了照顾英文小白。

第三类：英文综述

毕竟国内期刊的数量有限且高品质较少，因此，需要得到更多的信息，看英文文献是必不可少的。与此同时，许多国内大牛也会选择在顶级英文期刊发表论文，所以英文阅读无障碍的情况下，尽量选择英文文献。然而，这在某些行业并不适用，例如需要了解的课题是针对天朝的研究，那恭喜你，中文文献就够用了。

第四类：英文研究性论文

当决定研究方向以及具体研究对象之后，就需要参考别人是如何开展项目的，从而制订出自己的研究计划，这时就需要阅读英文研究性论文。阅读这类论文需要注意以下几点。第一，并不是所有的试验方法都是可靠的。一开始看文献的时候可能无法分辨其可靠性，这时可以不必过于关注研究的细节，当积累一定的阅读量之后，再重新挑选可靠的论文作为参考的模板。但必须要记得，尽信书不如无书，要对他人的结论有一定的怀疑态度。下文中也会提到一些文献筛选的方法，心急的同学可以直接阅读；第二，要清楚自身的研究目标，不要被带乱节奏。当文献看多了之后，就会接触到很多新的概念，产生许多新的想法。如果课题研究时间允许，可以将这些新的想法整合到方案之中，反之，则要懂得取舍，在结果为导向的当今社会，没有产出就是灭亡，尽善尽美也得考虑情况；第三，并不是越多越好。这部分涉及到一些阅读技巧，下文再详细说明。但要记住，不要把自己埋在文海中不能自拔，美好的生活还有诗和远方和吃吃吃。

文献的收集

清楚了文献的类型，接下来就是如何收集。文献的来源有很多，经过前辈整理的或者是权威人士推荐的。但这两类来源并不是一直都有，这就需要研究人员从各大文献数据库获取相关文献。

常用的中文数据库有中国知网（CNKI）、万维等，研究生论文及中文综述大多可以在这些数据库中找到，因为笔者没怎么看过中文资料，所以就不详细介绍了。一般高校都购买了相关数据库，通过校内网可以直接下载，如果没有买也没关系，各种论坛各种求，比如小木虫的文献板块，或者找老板和其他学校的同学帮忙下。

常用的英文数据库有google scholar、pubmed、web of science、各种杂志社的官方网站等。其中google scholar要翻墙，web of science需要通过校内网登录，而且笔者是苦逼的生物汪，因此这里着重介绍一下pubmed和杂志社官方网站的使用，其余的途径大家自行摸索。

Pubmed是NCBI旗下的文献数据库，通过整合MEDLINE，生命科学杂志以及在线电子书出版商等多种途径，实现一站式搜索。登录之后的界面是这样子的。

可以通过搜索关键词，全标题，作者（能够得到某个课题组的相关著作，一般同一实验室较优秀文章的通讯作者都是大老板）等内容得到相关信息。这里笔者以lncRNA为关键词进行示范，详细的入门信息可以阅读左下角using pubmed-> pubmed quick start guide ,其余的模块也可以点进去看一下。

纵向来看，搜索结果包括三列。第一列，可以限定文献的类型。例如，可以限定文章类型为Reviews，是否为全文免费下载Free full text（下载问题下文再提），出版年限等等；第二列，就是搜索的结果。这里需要注意的是上方的Format，可以调整每个记录所显示的信息，一般不建议在搜索结果里面直接阅读摘要，除非内容很少的情况下。还有搜索结果的排序方式，默认是按照发表时间，最新的排在最前面；第三列，是对搜索结果的一些统计信息，比如那个柱状图反应了文章数量逐年的变化情况，可以点击某个区间得到一定年限的文献，还有跟搜索关键词相关的一些内容。

同样的第三列往下拉，这里显示了在图注中搜索关键词的结果。有时候看图比看文字更加直观，当成为老司机之后可以多留意这方面的信息，或者当不知道如何呈现实验结果的时候也可以在这里找到灵感。

往下是titles with your search terms，这里需要注意的是，默认的搜索范围是全文，所以关键词可能出现在文章的正文而不是题目中，而这个区域就将搜索范围限定在了文章的标题。

在往下的是find relative data，因为pubmed是文献的数据库，而NCBI除了文献还有基因、蛋白以及测序得到的SRA等其他数据库，在这里可以转到NCBI的其他数据库进行搜索。既然我们是找文献的，所以就不用转过去了。

还有下方的Search details，这是搜索引擎所使用的搜索规则，主要用来限定多个关键词之间是同时出现还是单独出现，以及出现的地方是在标题、摘要或者是正文等等。其中，双引号内就是搜索的关键词，Pubmed会自动根据关键词进行扩展，例如这里就扩展了long noncoding rna等，如果需要精确匹配，可以点击搜索栏下的advanced，有小惊喜哦。这里有个技巧，可以将多个单词输入在双引号内再进行搜索，就可以进行精确匹配，不然Pubmed会将每个单词都拆开来，视为一个搜索条件。而AND OR用来限定关键词的是否同时出现，方括号内限定搜索的范围是文章的哪一部分。更多的搜索规则有兴趣的同学可以问度娘，这里就不详细介绍。（题外话：所有搜索引擎都有自己的搜索规则，掌握一些相关内容可以更快搜索到想要的文件的，例如，bingo可以通过filetype限定文件类型，搜索PDF简直不能更快）

除了Pubmed，其余的数据库也各有特色。Web of science能够通过影响因子排序，并且可以限定领域或者其他条件。Springer以及Wiley等有很多整理好的优质教材。这里就不一一介绍了。

然而，并不是所有文献都能够免费下载，这里就提两个途径下载收费文献。Sci-hub下载文献，gen.lib下载外文书籍。具体方式可以问度娘哦~

文献的追踪

文献一直在不断更新，半月刊、月刊、季刊，每次都去数据库搜索十分麻烦，还容易遗漏。如何让文献自动送上门呢，笔者推荐使用RSS软件进行文献的追踪。

Windows平台下可以使用FeedDemon，但这个软件从2013年开始已经不再维护更新，然而目前的基础功能已经足够满足一般文献追踪需求。下载地址http://feeddemon.com/

Mac平台下可以使用RSS订阅器，因为笔者太穷买不起苹果所以没用过，以后能使用到再给大家出测评的文章。

FeedDemon的界面是这样子的。

如何建立新的订阅呢，这里还是以Pubmed为例，记得先打开FeedDemon。文献搜索之后在搜索栏下面有这样一个按钮Create RSS。

点击之后是这样的。

Number of items displayed是这次显示的文章数量，Feed name是所创建订阅的名称，这个可以之后修改。点击Create RSS。这时，就会出现下一个界面。点击xml进行跳转。

这时，浏览器就会跳转到下面的界面。

使用的下拉菜单中可以选择订阅器，这里选择FeedDemon然后点击立即订阅，此时，之前打开的FeedDemon就会有反应了。

一直点击下一步，就可以完成订阅。

订阅之后，可以将订阅源进行分类，修改，还可以对新内容设置筛选条件，这里就不详细介绍，各位亲们自己研究咯。如果实在不会，那就给我发红包！我手把手教你！

大部分数据库以及杂志官网都会提供RSS订阅服务，但也有些杂志并不提供。遇到这种情况，可以自己创建xml格式的订阅源，推荐使用Feed43网站。网站是免费的，但是是英文，以后再开文章详细介绍该网站的使用。除了订阅文献，还可以用来订阅各种博客和论坛的更新，就看小伙伴们的需求了。

文献的管理

找到需要的文献后，就需要下载到本地进行阅读。部分同学喜欢通过构建文件夹的方式在本地进行管理。但是，当文献数量过多的时候，就很容易造成丢失，并且判断新下载的文献是否已经存在比较麻烦。因此，这里推荐使用EndNote进行文献管理。推荐的理由如下：第一，功能强大。Endnote的开发商是web of science的东家Thomson Reuters，所谓背靠大树好乘凉，该软件的设计也是诚意满满；第二，除了文献管理，还能够进行引文插入。Endnote支持大量的插入格式，并且与好基友office word完美兼容；第三，下载文献方便。Endnote与多个数据库完美兼容，当需要批量下载原文时，不再需要一篇篇的找到下载链接。当然，Endnote对中文数据库的支持是一个弱点，如果看中文较多可以使用NoteExpress。

接下来介绍Endnote中如何导入文献，管理文献以及进行文献的交流。还有介绍文献阅读的一些技巧。今天暂时更新到这，小伙伴儿们如果感兴趣的话敬请期待咯。