chipBase:转录调控数据库

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转录调控是生命活动中重要的调控机制，通过chip_seq数据，我们可以得到转录因子或者组蛋白修饰和基因之间的调控关系。chipBase数据库收集了来自10个物种共一万多个样本的chip_seq数据，整理出了转录因子和各种基因，包括蛋白编码基因，lncRNA,miRNA, tRNA等ncRNA之间的调控网络，该数据库网址如下

http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php

该数据不仅提供了转录因子和各种基因的调控网络，还提供了转录因子结合位点和motif的信息，同时利用TCGA数据库中的RNA_seq数据，分析了转录因子和基因之间的共表达关系，整个数据库的构建流程示意如下

chip_seq数据包含了两种类型，一种是转录因子，另外一种是组蛋白修饰，从chip_seq的数据中，可以分析得到结合位点的区域，称之为peak。

通过转录因子结合位点，可以进一步分析结合区域的motif, 还可以通过peak区域的基因注释，得到转录因子和各种基因之间的调控关系。

该数据库将基因分成了以下几类

1. LncRNA

2. miRNA

3. OtherNcRNA

4. Protein

每个类别对应一个子菜单，以LncRNA为例，可以检索得到某个转录因子与lncRNA之间的调控关系，检索框示意如下

通过chip_seq数据分析转录因子与基因的调控关系，实际上是通过对peak区间进行基因注释得到的，由于结合位点位于基因的附近，所以通常会指定一个区域，比如上下游各延伸1kb, 如果两个区间重叠，就认为二者之间存在一个调控关系。

检索结果示意如下，给出了转录因子CTCF所有可能调控的lncRNA

通过Regulator菜单，可以检索调控某个基因的所有转录因子，以TP53为例，检索结果示意如下

通过Motif菜单，可以查看转录因子motif分析的结果，结果示意如下

除此之外，官网还提供了以下两个工具

1. ChIP-Function

对转录因子所有调控的靶基因，进行GO富集分析，结果示意如下

2. Co_Expression

利用从TCGA等公共数据库中整理的约2000个RNA_seq的表达谱数据，分析指定基因的共表达关系， 结果示意如下

通过计算pearson相关系数和线性回归来分析两个基因表达量之间的相关性，并给出如下所示的结果

通过chipBase数据库，可以方便的查看转录因子和各种基因之间的调控关系。

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