ChipSeq数据分析
- 纠结！narrowPeak还是broadPeak
- Chip-Seq&ATAC-Seq 测序分析流程--上游
- 个性化ChIPseeker注释peak结果，基因 or 功能区类
- motifmatchr
- 转录因子数据库
- LOLA：overlap analysis for enrich
- deeptols 画图工具 使用方法与代码
- 基因家族分析(2) ggplot2绘制motif分析图
- 2个Chip-seq样本差异peak分析
- 结合CHIP-seq和ATAC-seq结果进行分析
- PePr识别组蛋白修饰ChIP-seq差异峰+bed文件注释
- BETA转录因子与表达关联分析
- ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和e
- ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）
- 使用 edgerTMM 算法对 bw 文件的均一化并且根据 bi
- 利用bedtools预测chip_seq数据的靶基因
- 使用homer进行peak注释
- 使用PeakAnalyzer进行peak注释
- 使用GREAT对peak进行功能注释
- 使用UPORA对peak进行注释
- PAVIS:对peak区域进行基因注释的在线工具
- 使用SICER进行peak calling
- tagAlign格式在MACS软件中的运用
- MACS2 peak calling实战
- [13] 9 下游分析 & 9.1 基因组 contex
- 使用deeptools查看reads分布特征
- [11] 7 数据可视化 & 主要涉及 bam 文件转变
- [10] 6 Peak calling & &
- ChIP-seq数据分析（一）：从raw reads到peaks
- [0] ChIP-seq 从实验到分析详细学习
- systemPipeR 包中文翻译之 ChIP-seq 分析
- 03. 识别motif和motif如何对应到基因上
- ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化
- 生物信息系列：根据成对bed文件以及多个BigWig文件画出信号
- MACS2的使用
- DU2:如何准确获取基因的某个保守区域序列
- # 关于NGS数据处理中的PCR Duplicate
- Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域
- Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤
- 如何使用ChromHMM鉴定染色质状态
- 用bedtools和bedops对bed文件进行各种运算
- 计算基因序列中ATCG的含量以及碱基motif的绘制
- 表观遗传初识~ChIP-seq
- 根据基因location获取基因ID
- chipBase:转录调控数据库
- PyGLtools
- 高通量测序数据处理学习记录（七）：使用ChIPQC包检查ChIP
- 在R里面对坐标进行映射
- chipseq在线可视化网站
- 使用BETA整合分析ATAC-seq/ChIP-seq和RNA-
转录因子 组蛋白修饰等分析流程