纯生信分析套路 最靓的单细胞研究

单细胞测序是什么？也许你不知道单细胞测序的具体操作，但肯定知道单细胞测序的研究是如今炙手可热的领域。各种高水平期刊中，不乏单细胞测序的身影。它不仅热它还贵，少则几万多则几十万的测序费用，要不是贫穷限制了我的发挥，小编已经感觉CNS在向我招手了。囊中羞涩但是又想做前沿的科研工作，想做单细胞怎么办？公共数据库挖掘单细胞数据加生信分析是你不二的选择。今天这篇文章利用公共数据库单细胞数据加上RNA-seq数据，结合优秀的生信分析，轻松实现5+文章。

生 信 人提供新颖、正规、可复现

整合分析单细胞和大块组织RNA-seq揭示了肿瘤异质性以及m2型肿瘤巨噬细胞在三阴乳腺癌中的浸润和侵袭性。

一、 摘要：

三阴性乳腺癌（TNBC）的特征是更具侵略性的临床过程，具有广泛的肿瘤间和肿瘤内异质性。作者以单细胞数据鉴定了肿瘤间和肿瘤内的异质性。发现M2型肿瘤相关的巨噬细胞（TAM）构成了大多数巨噬细胞，并表现出免疫抑制特性。因此作者利用TCGA数据评估了TAM的免疫浸润程度，并且基于免疫浸润进行分组，预后分析以及marker识别。

二、材料方法：

1、数据集：三阴乳腺癌两套单细胞测序数据，bulk-RNA-seq数据来自TCGA和GEO。

2、数据处理：Seurat处理单细胞测序数据。 

3、数据分析：ssGSEA计算hallmark富集得分，斯皮尔曼相关，cibersort计算免疫浸润水平，WGCNA筛选TAM共表达基因，生存分析，随机森林，SVM，神经网络构建分类器。

三、结果：

1、TNBC细胞的肿瘤细胞异质性。每个患者肿瘤细胞高度聚集，TNBC的复发与EMT、细胞干性相关，因此计算了三者之间的相关性，都是正相关。

2、TNBC免疫细胞异质性。免疫细胞分为三类，与T、B和巨噬细胞非常契合。因此对三种细胞的功能状态和相关基因表达做了展示。

i. T细胞功能状态以及相关基因的表达。

ii. B细胞功能状态以及相关基因的表达。

iii. 巨噬细胞中有更多的M2特征。

3、作者以巨噬细胞为桥接，利用cibersort计算TCGA m2型巨噬细胞免疫浸润水平进行高低水平间生存分析。WGCNA识别TAM相关模块。Hub基因单因素cox回归，筛选到146个基因。146个基因预后风险得分与生存分析。风险得分ssGSEA，得分与通路之间的关系。

4、亚型识别，基于146基因进行聚类分析。

5、随机森林和SVM筛选与m2型TAM免疫评分最相关的基因。

6、TAM相关基因预测免疫治疗反应，人工神经网络构建分类器。

总结

总体上说，有分析意向（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号文章以单细胞数据开头，分析了免疫细胞的异质性，以巨噬细胞为桥接，巧妙的从单细胞数据跳跃到了TCGA和GEO的RNA-seq数据，并以此开展了后续的一系列生信分析。还在纠结没钱做单细胞测序的你，何不试试公共数据加生信分析的思路呢？