前言

最近碰到一个需求，比较两个fasta文件的所有序列是否一样，但是其名字无所谓是否相同，于是想了一个比较简单的办法，shell下面直接可以完成。比如有A.fasta和B.fasta两个文件：

思路

1.首先把两个文件进行排序，用sort。
2.然后用grep把fasta的header去掉。
3.最后比较两个处理过的文件的md5。

代码

cat A.fasta | sort | grep -v ">" > 1.tmp
cat B.fasta | sort | grep -v ">" > 2.tmp
md5sum 1.tmp 2.tmp