常用生信软件名称

基因组组装相关软件

abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、Jabba、LoRDEC、MECAT、Proovread、PBSuite、pilon、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等

基因组分析相关

AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等

比较基因组软件

Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等

注释相关软件

blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等

比对软件

Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa、tophat、hisat、bismark、ssearch36等

系统发育树软件

MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等

分化时间分析

Paml、Beast2等

群体历史动态分析

psmc、msmc等

基因流分析

Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等

高离散SNP筛选

BayeScan、LFMM、bayenv2等

选择清除分析

XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等

LD分析

Haploview、Plink等

ka/ks分析

Yn00、codeml等

分子方差分析

Arlequin、poppr等

全基因组关联分析

plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等

QTL定位软件

R/qtl、QTL Cartographer等

遗传图谱排图软件

MSTmap、Onemap等

共表达分析

WGCNA等

转录组组装

trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等

基因表达定量

rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等

基因表达差异分析

DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等

富集分析

topGO等

蛋白互作

blast等

靶基因预测

RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等

聚类去冗余

cd-hit、tgicl等

转录因子预测

iTAK等

circRNA预测

CIRI、find_circ、CIRCexplorer等

lncRNA预测

CPC、CNCI、CPAT等

SNP分析

star、GATK、Samtools等

CDS预测、SSR分析

transdecoder、MISA等

APA分析

TAPIS等

其它软件

fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等

原文链接：https://blog.csdn.net/u010608296/java/article/details/102886223