2020-7-22

在上一篇中遇到了这个指标，最近很火，拿来详细写一下~

1.HRD检测

1）BRCA1/2突变检测：只检测BRCA1/2基因会存在HRD漏检的问题（漏检约30%的HRD阳性患者），启动子甲基化会引起BRCA基因失活，其他的HRR基因突变以及其他原因也会引起HRD

2）HRR gene Panel：原理是通过高通量测序平台对HRR相对基因进行检测。有研究显示，通过HRR gene panel检测，可以检测出大约30%的HRR基因突变。缺点是只能检测已知的HRR突变，仍然会漏检未知原因，表观修饰的HRD患者，仅能检测出30%左右。此外不是所有的HRR基因突变都会对PARP抑制剂有提示作用，需要纳入哪些HRR相关基因缺乏公认标准。

3）基因组疤痕检测：Myriad Genetics myChoice Test（FDA批准）；FoundationFocus CDxBRCA LOH；FoundationOne CDx（FDA批准）。

2.基因组疤痕检测

    基于单核苷酸多态性（SNP）的测序分析

    通过分析三种染色体异常来评估：基因组杂合性缺失（Loss ofHeteroygosity,LOH）;端粒等位基因不平衡（Telomeric Allelic Imbalance,TAI）;大片端迁移（Large-scale state Transition ，LST）

基因组杂合性缺失（LOH）：Breast Cancer Research volume 16, Article number: 211 (2014).端粒等位基因不平衡（TAI）：Cancer discovery.2012.10.1158/2159-8290.CD-11-0206;大片端迁移是指通过过滤掉小于3MB的区域后，相邻区域之间至少10MB之间的染色体断点数量。

3.HRD检测算法

HRD-LOH：1）长于15Mb，2）短于整个染色体LOH区域数量

HRD-TAI：1）延长至亚端粒之一；2）不穿过着丝粒；3）大于11Mb的等位基因不平衡区域数量

HRD-LST：1）筛除短于3MB区域；2）长于10Mb区域之间的break points肿瘤“近二倍体”“近四倍体”引入不同HRD-LST标准：LSTm=LST-KP p为ploidy（倍），k为常数（最佳分离常数k=15.5）

Logistic回归模型中的线性组合HRD评分预测：HRD score=A*HRD-LOH+B*HRD-TAI+C*HRD-LST

综合HRD得分使用LOH/TAI/LST算术平均数：HRD score=(HRD-LOH+HRD-TAI+HRD-LST)/3

其他文献：HRD=LOH+TAI+LST（未加权）