如何用Conda安装GATK？

刘小泽写于2020.9.2
现在conda的使用越来越方便，用的人也越来越多，就是因为学习成本简单，比较容易上手，并且不需要root权限以及修改bashrc配置文件。另外，它需要依赖Python和R，有时不知怎的就加载不出来依赖包，因此使用conda安装对于新手是个不错的选择

下载GATK

• 目前最新版是4.1.8.1 （2020.7.21）https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.8.1/gatk-4.1.8.1.zip
• 全部的版本链接在：https://github.com/broadinstitute/gatk/releases

下载后解压

# 在该目录下
conda env create -n gatk -f gatkcondaenv.yml -y

检查是否成功

python -c "import vqsr_cnn"
# 出现：Using TensorFlow backend，则成功
# 出现：ImportError: No module named vqsr_cnn，则失败

如果以后要更新gatk

需要先卸载掉原来的小环境，再重新安装，否则会产生报错，比如：

CondaValueError: prefix already exists: /anaconda2/envs/gatk

安装的正确方法：

source deactivate
conda env remove -n gatk
# 然后重新运行上面的安装代码

另外gatk运行还需要依赖Java

先进入到gatk小环境，再安装openjdk即可

conda install -c conda-forge openjdk

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