不同版本坐标转换工具CrossMap

人类参考基因组有多个版本，在分析中，我们可能会用到不同的版本，抑或有事我们得到的bed、bam或者vcf文件并非我们想要的参考基因组的，这时便可以通过CrossMap进行坐标转换。

1、安装

一般来说是可以通过conda来安装的，但是由于我的anaconda安装的是3.x版本的，而CrossMap需要Python2.7，因此未能使用conda进行安装。这里使用的是python2的pip工具进行安装的，CrossMap的依赖如下：

• gcc
• python2.7.*
• numpy
• cython
• pysam
• bx-python
  在安装bx-python时出现了错误，缺少了一个文件lzo，通过sudo yum install lzo-devel安装后，便可以安装CrossMap了：

# 先创建Python2环境
$ conda create --name py2 python=2.7
# 激活py2环境
$ source activate py2
$ pip install CrossMap --upgrade

# 退出环境
$ source deactivate 

2、使用

CrossMap支持多种文件的坐标转换：

• BAM or SAM format.
• BED or BED-like format. BED file must has at least 3 columns (‘chrom’, ‘start’, ‘end’).
• Wiggle format. “variableStep”, “fixedStep” and “bedGraph” wiggle line are supported.
• BigWig format.
• GFF or GTF format.
• VCF format.
  将hg19的bed文件转换为b37(GRCH37)的bed文件：

# 在转换前需要先去官网(http://crossmap.sourceforge.net/)下载版本坐标对应文件
$  wget http://sourceforge.net/projects/crossmap/files/chain_files/hg19ToGRCh37.over.chain.gz/download -O hg19ToGRCh37.over.chain.gz
# 坐标转换
$ which CrossMap.py
/usr/bin/CrossMap.py
$ python CrossMap.py bed  hg19ToGRCh37.over.chain.gz TruSeq_exome_targeted_regions.hg19.bed TruSeq.b37.bed

更多用法可以在官网找到。