如何检查bam文件的完整性？

  最近在跑程序的时候遇到一个问题，简直不要太坑，记录下来：

[W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated.

  em.......看到这个的时候，也就意味着重跑了。一般bam文件跑完出错的概率比较小，如果出错了的话，就得重新返工了。所以检查一下bam文件的完整性比较好！

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如何检查呢？

方法一：
利用samtools quickcheck

samtools quickcheck 帮助文档
代码实战

方法二：来自于健明大神的帖子：https://www.jianshu.com/p/c6dd7edd6e80 这个方法一行代码就可以解决~（虽然上一个也是一行代码呀）

tail -c 28 SRR1286778_1.Cri.bam| xxd -p

输出结果

这个才是正常的bam的输出结果，如果出现了别的数字（乱码啥的。。。。）重跑吧。