最近研究了一下克隆进化的流行pipeline，主流的主要有两套如下：

Pyclone+ citup+ Timespace/fishplot(倾向具有CNV数据);

sciClone+ clonevol（只具有体细胞突变位点）

其中第一套流程主要是python计算，R进行可视化，第二套流程完全使用R即可实现可视化。

这里我将克隆进化的两套流程进行分批次讲解，主要是因为在安装以及调用过程中会出下很多问题，在这里我也会一一解答遇到的bug该怎样解决。